Toyota meluncurkan facelift untuk GR Yaris pada awal 2024, namun untuk tahun 2025, mereka terus meningkatkan performa mobil hot hatch ini. GR Yaris mendapatkan body kit baru yang terdiri dari enam item, dengan fitur yang paling mencolok adalah sayap belakang yang dapat disesuaikan untuk penggunaan di lintasan balap. Toyota juga meningkatkan pendinginan mesin 1.6 liter tiga silinder turbocharged dengan kap mesin aluminium yang baru. Selain itu, saluran udara baru ditambahkan di belakang roda depan untuk stabilitas saat menikung dalam kecepatan tinggi.
Paket aero ini juga meliputi bibir spoiler depan, penyamaran baru untuk tangki bahan bakar yang diambil dari mobil balap GR Yaris di Super Taikyu Series Jepang. Toyota juga memperbarui transmisi otomatis delapan percepatan dengan perpindahan gigi yang lebih cepat. Berbagai perubahan lainnya termasuk baut yang diperlebar, power steering elektrik yang disetel ulang, peredam kejut yang diperbaiki, dan pijakan kaki yang lebih besar.
GR Yaris yang telah diperbarui juga dilengkapi dengan rem parkir vertikal dan Toyota Safety Sense yang menjadi standar bahkan pada model dasar di Jepang. Harga GR Yaris mulai dari 3.560.000 yen ($ 24.700) untuk trim entry-level dengan manual hingga 5.330.000 yen ($ 37.000) untuk versi range-topping dengan transmisi otomatis. Keberadaan model baru ini di luar pasar domestik belum diumumkan oleh Toyota.
